Klubben blev grundlagt i 2006, da Team Helsinge og Hillerød HK slog sine førstehold sammen og dannede den nye klub.^[2] Moderklubben Team Helsinge stammer tilbage fra 1993.^[3] Den oprindelige plan blev lanceret i oktober 2005 på Team Helsinges lisens.^[4] Helsingør holdet Elite 3000 skulle oprindeligt have været med. De trak sig dog lige før holdet blev oprettet.^[4] Den efterfølgende sæson rykkede herreholdet direkte op i Håndboldligaen efter at holdet blev nr. 1 i 1. division. Derefter hyrede de Henrik Kronborg som træner.^[5] I sæsonen 2007-2008 blev holdet nr. 11 i landets bedste række, efter sejre over store hold som Bjerringbro-Silkeborg og Viborg HK. Tilskuer-rekorden i Helsinge er på ca. 1550 tilskuere, hjemme mod Stoholm i 1. division, sæsonen 06/07, mens den i Helsingør er 2.350 hjemme mod AG København i sæsonen 10/11.^{[kilde mangler]} I november 2007 blev den første fanklub oprettet.^[6]

I April 2008 rykkede klubbens kvindehold op i 1. division.^[1] Senere samme år blev Elite 3000 endeligt en del af holdet efter tre forhandlingsforsøg, og det betød at holdet nu havde tre hjemmebaner.^[7] I 2008-09 rykkede kvindeholdet igen ned i 2. division.^[8]

I sæsonen 2009/10 kvalificerede holdet sig for første gang til en europæisk turnering, og i 2010-11 fik de så deres internationale debut i tredje runde af EHF Cuppen mod israelske Hapoel Rishon LeZion.^[9] De nåede til kvartfinalen, hvor de blev slået ud af spanske Naturhouse La Rioja.^[9]

I april 2011 tog de afsked med Henrik Kronborg, da han ikke var tilfreds med holdets spillerbudget.^[9] Han blev erstattet af Kristian Kristensen, der dog kun holdte til januar på grund af svingende resultater.^[10] I den samme sæson hyrede de Klavs Bruun Jørgensen som træner.^[11] I 2011-12 sæsonen nåede holdet final4 i den danske pokalturnering, da de slog Bjerringbro-Silkeborg i kvartfinalen.^[11]

I sæsonen 12/13 rykkede holdet ud af Håndboldligaen, men fik på grund af konkurs i Viborg HK tilbudt at forlænge opholdet, hvilket man tog imod.^[12] I 2013 skrev klubben kontrakt med deres tidligere spiller Ian Marko Fog, som blev deres nye cheftræner.^[13] Efter en svær sæson 13/14 lykkedes det klubben at undgå direkte nedrykning, men i kvalspillet blev holdet sidst i puljen og rykkede ned i 1. division, efter 7 år i landets bedste række.^[14] Klubben valgte alligevel at beholde Fog som træner.

Op til sæsonen 14/15 blev stort set hele truppen skiftet ud med en række unge spillere med overvægt af spillere med regional tilknytning til det nordsjællandske. Strategien blev en stor succes, og holdet vandt 1. division og vendte dermed tilbage til landets bedste række i sæsonen 15/16.^[15]

I sæsonen 2015/2016 endte Nordsjælland næstsidst i håndboldligaen, og skulle derfor spille om overlevelse i ligaen mod TM Tønder Håndbold over to kampe. Tønder vandt det første opgør på hjemmebane med 4 mål. I returkampen, der blev spillet i en udsolgt Helsinge Hal, var Nordsjælland foran med 4 mål, og med under et minut tilbage havde Nordsjælland bolden. Kampens dommere dømte efter ganske få sekunder nøl efter en tilbagelægning. Det fik Nordsjælland Håndbolds målmand, Kristian Pedersen, til at kaste bolden ned i den anden ende af hallen. Dette medførte et rødt kort til Kristian Pedersen og et straffekast til TM Tønder, som Tønder scorede på. Dermed blev Nordsjælland Håndbold sendt ned i 1. division.

Kampen blev særlig kendt for scenen for Nordsjællands træner, Ian Marko Fog, i frustration over dommen flåede sin trøje af. Kendelsen har efterfølgende været stærkt diskuteret og er af flere parter blevet kaldt fejlagtig. Episoden har være medvirkende til at ændre strukturen for nedrykningskampe i Herrehåndboldligaen.^[16]

Nordsjælland Håndbold vandt overlegent 1. division i sæsonen 2016/2017, og er dermed igen tilbage i håndboldligaen. Samme sæson rykkede klubbens kvindehold op i 2. division igen.^[17]

I 2017-18 sæsonen nåede klubben mesterskabsslutspillet på trods af, at mange havde spået dem til nedrykning.^[18] Det medførte at Ian Marko Fog blev udnævnt til Årets træner.^[19]

Ian Marko Fog tog afsked med klubben i juni 2019 efter 6 sæsoner.^[20][21] Hans tidligere assistent Simon Dahl blev hyret i stedet for.^[22] Han forlod klubben i 2023, og tog i stedet til Aalborg Håndbold for at blive deres assistenttræner.^[23] Derefter ansatte klubben islandske Halldór Sigfússon.^[24]

I coronasæsonen 2019-2020 rykkede Nordsjælland ned. DHF valgte at aflyse sæsonen efter 24 runder, og da Nordsjælland på det tidspunkt lå sidst, måtte de en tur ned i 1. division.^[25][26] De var tilbage i håndboldligaen til 2022-23 sæsonen, efter at de vandt 2021-22 1. division.^[26]

I 2024 blev Team Helsingørs andel solgt til Team Red Performance Håndbold Elite, hvilket betød at de nu havde aktiemajoriteten. De havde til intention at gøre Nordsjælland til en af de bedste hold i Danmark.^[27] Op til 2024-25-sæsonen ansatte klubben deres tidligere assistenttræner og chef for talentudvikling, Laurids Søgaard.^[28]