El F.C. Winterslag se fundó en 1923 y tuvo el número de matrícula n.º 322. Para su 25º aniversario añadieron el prefijo Koninklijke y se llamaron KFC Winterslag. En la temporada 1971-72, Winterslag ascendió a la Segunda División de Bélgica y para la temporada 1974-75 jugarían en la Primera División tras ascender en el play-off final de Segunda División. Se aprovecharon del incremento de equipos en la Primera División para esa temporada (de 16 a 20). Terminaron colistas, pero al año siguiente retornaron a la Primera División de Bélgica.

Ocupó la quinta posición en la temporada de 1981, pero dos años después descendieron a la Segunda División tras quedar en la última posición. Ese año, el Standard de Lieja fue el campeón tras derrotar al Waterschei Thor. Tras cuatro temporadas en la Segunda División, Winterslag obtuvo una plaza en la Primera División de Bélgica tras ser campeón de Segunda División en la temporada 1986-87, con un punto más que Tongeren. Quedó 15º entre 18 equipos, pero al final de la temporada se fusionaron con sus vecinos del Waterschei Thor, los cuales militaban en la Segunda División de Bélgica desde su descenso en la temporada de 1986.

El K Waterschei SV Thor Genk fue creado en 1919 como Waterschei's Sport Vereeniging Thor y Thor es el acrónimo de Tot Herstel Onzer Rechten (a recuperar nuestros derechos). Su número de matrícula era el n°533. Estuvo en la Primera División de Bélgica a finales de la década de los años 1950 e inicios de los años 1960 y de nuevo entre 1978 a 1986. Tras dos años en Segunda División, Waterschei se fusionó con el KFC Winterslag para formar al KRC Genk.

Durante la temporada 1982-83, el partido Standard Liège-Waterschei fue arreglado y el Standard finalmente logró el campeonato. Waterschei ganó la Belgian Cup dos veces (1980 y 1982). Destacando haber llegado a las semifinales de la Recopa de Europa en la temporada 1982-83. Tras superar al PSG en cuartos de final, perdió en la ida de Semifinales por 5-1 en el campo del que sería a la postre el campeón, Aberdeen F.C. El triunfo por 1-0 en la vuelta (gol de Eddy Voordeckers) no cambió nada. Se fusionaron con el KFC Winterslag en 1988 para crear al actual club.

El nuevo club se llamó KRC Genk y mantuvo el ranking de Winterslag, comenzando su andadura en Primera División pero acabó colista. Al año siguiente, Genk logró ganar la ronda final en Segunda división y luego jugó 4 temporadas en la élite. En 1995, el club contrató a Aimé Anthuenis como entrenador y terminó segundo y se saltó la ronda final cuando se fusionaron dos equipos de Primera división (Seraing y Standard Liège). Después de un octavo puesto en 1997, el club tuvo una sobresaliente temporada 1997-98 ganando la Copa de Bélgica y acabando segundos en el campeonato liguero. En su primera andadura europea, Racing Genk eliminó sucesivamente a Apolonia Fier y MSV Duisburg pero perdió ante Mallorca en 1/8 de final después de dos empates (1-1 en el global) en la última Recopa de Europa de la historia. La temporada terminó bien cuando Genk ganó su primera liga belga en mayo.

Genk jugó en la UEFA Champions League en 1999–00 pero perdió en la segunda ronda de clasificación ante el Maribor esloveno. La temporada se salvó al volver a ganar la Copa de Bélgica, esta vez ante Standard, pero Genk acabó el campeonato en novena posición. Terminó undécimo en la temporada siguiente y perdió en la segunda ronda de la Copa de la UEFA ante el Werder Bremen tras una victoria ante el FC Zürich. Después de esta mala racha, Genk logró ganar otra vez la liga en la temporada 2001-02. En 2002-03, llegaron a la fase de grupos de la Liga de Campeones por primera vez en su historia. Aunque quedaron 4º, impresionó a la afición con empates ante Real Madrid, AS Roma y AEK Atenas.

En la temporada 2006-07, Genk terminó segundo detrás de Anderlecht. Los limburgueses habían sido líderes casi toda la temporada, pero Anderlecht los superó en las últimas jornadas.

Siguieron tres malas temporadas. Genk terminó la temporada 2007-08 con 45 puntos y en el décimo lugar de la liga: su peor resultado en siete años. La temporada 2008-09 también fue mala para Genk, terminando octavo en la liga. La temporada terminó con una nota positiva con ellos ganando la Copa de Bélgica , lo que les dio una plaza para la Europa League. La temporada 2009-10 comenzó mal cuando fueron eliminados de la Europa League por LOSC Lille. Las cosas tampoco salieron bien en la liga doméstica. El técnico Hein Vanhaezebrouck fue despedido en diciembre y fue reemplazado por Franky Vercauteren. Genk terminó undécimo, pero Vercauteren logró llevar al club al fútbol europeo al vencer al archirrival Sint-Truiden en la final de los Play-offs II.

La temporada 2010-11 comenzó bien para el KRC Genk cuando vencieron al Inter Turku por 1-5 en Finlandia. Pasaron a la cuarta ronda de clasificación de la Europa League y fueron emparejados con el Porto FC. Genk perdió los dos partidos, a pesar de dos buenas actuaciones.

El 30 de enero de 2010, KRC Genk anunció que el entrenador Franky Vercauteren firmó un nuevo contrato hasta junio de 2013.

Solo perdieron su primer partido de la temporada en la vigésima jornada y empezaron las eliminatorias en segundo lugar. El club ganó la Pro League belga 2010-11 después de empatar 1-1 con Standard Liége. Esta era el tercer Campeonato liguero del KRC Genk en su historia y sus seguidores lo celebraron con una invasión del campo justo después del pitido final.

El 11 de agosto, el entrenador Frank Vercauteren confirmó que dejaba el club y firmó con el club Al-Jazira de Abu Dhabi. En la tercera ronda de clasificación de la UEFA Champions League 2011-12, el KRC Genk venció al FK Partizan en dos partidos y empató con el Maccabi Haifa en la ronda de play-off. El Maccabi Haifa venció al Genk 2-1 en el partido de ida en Israel, mientras que el Genk ganó el partido de vuelta con el mismo 2-1 en Bélgica. Durante la tanda de penaltis, el portero László Köteles ayudó al Genk a clasificarse al parar dos lanzamientos. Por segunda vez en su historia, el KRC Genk alcanzaba la fase de grupos de la UEFA Champions League. Fueron sorteados en el Grupo E con Chelsea, Valencia y Bayer Leverkusen.

La campaña de la Liga de Campeones fue una de altibajos. Genk logró un 1-1 contra Chelsea y Bayer Leverkusen y un empate sin goles contra Valencia. Fuera de casa, Genk perdió todos los partidos. La temporada en la Jupiler League fue difícil, ya que Genk apenas se clasificó para los play-offs al terminar sexto en la temporada regular. En los play-offs, sin embargo, Genk comenzó a jugar mejor y subió al tercer lugar. Al terminar en tercer lugar, se clasificó para la tercera ronda de clasificación de la Europa League.

La temporada 2012-13 comenzó bien para el club al clasificarse para la fase de grupos de la Europa League tras vencer a Aktobe y FC Luzern. En esta fase de grupos, se desempeñó muy bien y finalmente ganó el grupo sin una sola derrota. Terminó primero con tres puntos más que el Basilea y se clasificó para la siguiente ronda en la que se enfrentaron al VfB Stuttgart. Era la primera vez en la historia del club que jugaban al fútbol europeo después de Navidad. Stuttgart superó a Genk en los dos partidos. En la liga, Genk se clasificó para los play-offs y se desempeñó bien hasta que el título estuvo fuera de su alcance; el quinto lugar fue el resultado. Genk terminó su temporada con una nota positiva al ganar la Copa de Bélgica. Vencieron a Cercle Brugge en la final, frente a 30.000 fanáticos del Genk.

En la temporada 2016-2017, Genk participó en la UEFA Europa League, comenzaron a jugar en la segunda ronda de clasificación y se clasificaron para la tercera ronda de clasificación (el 21 de julio de 2016) y la ronda de play-off (el 4 de agosto de 2016). Ganaron su grupo con 3 victorias en casa sobre el Athletic de Bilbao, Rapid Wien y Sassuolo y, después de derrotar a Astra Giurgiu (2-2 y 1-0) en la segunda ronda, en 1/8 de final empataron en casa contra KAA Gent 1-1 y resolviendo a domicilio por 2-5. Incluso cuando Genk fue derrotado en 1/4 de final contra Celta de Vigo (3–2 y 1–1), fue la temporada europea más exitosa del Genk.

Genk ganó la Primera División 2018-19 por cuarta vez en su historia, por lo que se clasificó para la UEFA Champions League 2019-20 después de una ausencia de ocho años.

Genk hizo una mala fase de grupos y solo cosechó un empate y cinco derrotas en la UEFA Champions League 2019-20.

El club ganó la Copa belga 2020-21 al Standard de Lieja por 2-1 el 25 de abril de 2021.^[3]

El Genk es uno de los equipos con las finanzas más estables y posiblemente el equipo más rico de Bélgica. En 2012 presentaron ingresos por alrededor de 28 millones de euros debido a su participación en la fase de grupos de la UEFA Champions League y las ventas de jugadores como Thibaut Courtois y Kevin De Bruyne al Chelsea FC,^[4] sin tener en cuenta el traspaso de Christian Benteke al Aston Villa por 10 millones de euros.

• Primera División de Bélgica (4): 1998-99, 2001-02, 2010-11, 2018-19
• Segunda División de Bélgica (1): 1975-76
• Copa de Bélgica (5): 1997-98, 1999-2000, 2008-2009, 2012-2013, 2020-21
• Supercopa de Bélgica (2): 2011, 2019

• Actualizado a la Temporada 2021-22.