El Slavia se fundó en 1892 en Vinohrady, Praga como un club deportivo donde dominaba el ciclismo. El 25 de marzo de 1896 el Slavia ganó su primer partido 5-0 a sus rivales del AC Praga. Cuatro días más tarde, el Slavia jugó contra el Sparta Praga, 0-0, y este partido es el inicio de la rivalidad tradicional entre los dos clubes checos más populares. El 5 de abril de 1896 el Slavia ganó 2-1 al ČFK Kickers y terminó segundo de 4 en este torneo.

La primera época dorada para el Slavia comenzó en 1905, cuando el entrenador escocés y exjugador del Celtic John William Madden trajo nuevas tácticas y puntos de vista sobre el fútbol de su país de origen a Praga y establecer una temprana edad dorada para el club que duró 25 años. Johnny fue el primer entrenador del Slavia y en el resto del campeonato checo solo había capitanes de los equipos que tenían algunas funciones propias de entrenador. Con Madden el Slavia ganó 134 partidos nacionales de 169 posibles y 304 internacionales de 429 entre los años 1905 y 1930. En 1930 Madden se retiró del fútbol profesional a la edad de 66 años en el Slavia, aunque se mantuvo en Praga durante el resto de su vida.

En la Copa Mundial de la FIFA de 1934 el equipo de fútbol nacional de Checoslovaquia incluyó ocho jugadores del Slavia, lo que significa que el equipo era el más representativo en el combinado nacional. Un segundo período dorado llegó cuando el Slavia fichó a Josef Bican del Admira Viena. Con este famoso futbolista el Slavia ganó los campeonatos de liga en los años 1940, 1941, 1942 y 1943. En 1951 el Slavia terminó en 11.ª posición y fue una gran decepción. Los malos resultados continuaron durante los años cincuenta y sesenta, cuando el Slavia fue relegado dos veces. No lograron ascender hasta 1965.

Una nueva era y el regreso a la cima comenzó en 1990, cuando muchos jugadores jóvenes, incluyendo a Vladimír Šmicer y Patrik Berger, que llegaron al club gracias al empresario Boris Korbel. En 1996 el Slavia ganó su decimocuarto título después de 49 años. Durante esta temporada, el Slavia jugó la semifinal de la Copa de la UEFA y cuatro jugadores del equipo rojiblanco integraron el equipo checo que logró el subcampeonato de la Euro 96.^[1][2]

El Slavia sufrió problemas financieros en los años siguientes a su primer campeonato de liga checo tras la desaparición del estado checoslovaco, principalmente debido a sus repetidos fracasos, hasta 2007, cuando logró clasificarse para la fase de grupos de la Liga de Campeones de la UEFA. El Slavia construyó un grupo de jugadores jóvenes, muchos de los cuales representaban a sus selecciones sub-21. Los jóvenes más brillantes eran Adam Hloušek, Petr Janda y Milan Černý.

El equipo se clasificó para la Liga de Campeones de la UEFA 2007-08 tras la victoria por 3-1 el global de Ajax Ámsterdam en la tercera ronda de clasificación. El 30 de agosto de 2007 en Mónaco, fueron encuadrados en el grupo H junto con el Arsenal, Steaua Bucarest y Sevilla. Comenzaron con una victoria por 2-1 en casa ante el Steaua y una derrota por 4-2 ante el Sevilla. Luego vinieron dos partidos contra el Arsenal; el Slavia fue desmantelado 7-0 en el Emirates Stadium, pero en el partido de vuelta se las arreglaron para lograr un punto por el empate 0-0. En Bucarest se produjo un empate 1-1, que clasificó al equipo checo para la ronda de treintaidosavos de final de la Copa de la UEFA, a pesar perder en casa 0-3 ante el Sevilla.

En las temporadas de 2007-08 y 2008-09, el Slavia fue dos veces campeón checo. Sin embargo, en la temporada 2009-10 solo consiguieron el 7.º puesto.

En octubre de 2006 comenzó la construcción del nuevo estadio, el esperado Eden Arena, con una capacidad para 21.000 espectadores. El estadio fue inaugurado el 7 de mayo de 2008 con un partido de exhibición contra Oxford University.^[3]

En el otoño de 2010, el club se encontró en una grave crisis debido a sus problemas económicos. Se descubrió que debía £3.600.000 al antiguo propietario del club, ENIC Sports Ltd (English National Investment Company). Como resultado de esto se llevó a cabo una gran reducción de costes y se confirmó que el equipo tendría que ser intervenido. También se confirmó que los jugadores tunecinos Hocine Ragued y Tijani Belaid dejarían el club en el invierno de la temporada 2010-11, pues el Slavia ya no podía pagar sus salarios. Además de estas salidas, los centrocampistas Petr Trapp y Jaroslav Černý también abandonaron el club a mitad de temporada, el primero alegando que el Slavia no había pagado sus salarios durante tres meses.

Tal como era de esperar, la crisis se reflejó en el rendimiento del Slavia en el terreno de juego. A comienzos de enero de 2011 y tras 17 partidos en la temporada en liga, el Slavia estaba situado en 14.ª posición en la Gambrinus Liga con apenas 16 puntos, tras haber ganado solo tres encuentros desde julio de 2010. El club terminó la temporada por encima de la zona de descenso, para mantenerse en la máxima categoría una temporada más.

El 5 de mayo de 2011, el partido de copa contra Olomouc fue cancelado debido a las protestas de los aficionados en contra de la situación financiera del club.^[4]

• 15 de diciembre de 2025.^[9]