Malograr (mal+lograr, verbo derivado de logro < lt. lucrum en español, gallego [y conservado también en portugués], rumano, y en la E. M. también occitano y catalán) es un verbo de la lengua escrita, incluso con algún idiotismo propio de este nivel lingüístico (como el uso del perfecto con el significado absoluto de morir). Todavía Rodríguez del Padrón escribía analíticamente mal logrado (que quizás, según Corominas, convergió con mal agorado en malogrado).
Generalmente se puede malograr una fortuna, unas buenas condiciones/prendas/virtudes (son OD y malograr transitivo). puede malograrse una cosecha, una obra, una cosa, una persona, un proyecto.
No hay que olvidar el substantivo malogro, 'perdición', 'ruína'.
Tampoco olvidar la prevalencia, en el tiempo y en el uso, del adjetivo malogrado sobre las formas personales plenamente verbales.
Parece pues , sin olvidar su uso técnico con cosechas o ganado.
Su uso en lo oral cotidiano ha de ser intencional, como variación de estropearse o perderse, y sólo aparecerá en individuos letrados (antes se decía leídos) y nunca en situaciones donde operen sentimientos.
De su uso técnico rural tengo constancias personales, pero no una convicción absoluta de que sea en ese uso palabra popular.