Bhí Cooney ina Aire Dlí agus Cirt, 1973–1977 le linn na dTrioblóidí, an ról ba thábhachtaí agus ba mhó aige. Thug sé isteach an tAcht um Cheartas Coiriúil 1976, a shínigh cumhachtaí na nGardaí chun dul i ngleic leis an sceimhlitheoireacht sa gCúirt Choiriúil Speisialta nach raibh giúiré aici.

Mar Aire Dlí agus Cirt, d'ordaigh Cooney go gcuirfí coincréit ar chónra Frank Stagg, duine de chuid Óglaigh na hÉireann.

Ar an 19 Nollaig 1973, tugadh cinneadh ceannródaíoch na Cúirte Uachtaraí i McGee v An tArd-Aighne [1974] IR 284 (trí thromlach 4-1), gur sháraigh dlí a chuir cosc ​​ar allmhairiú frithghiniúnach an ceart a bhí ag na gearánaithe sa chás seo chun na príobháideachta sa phósadh.^[2]

Chun teacht ar réiteach, mhol Cooney an Bille um Rialú Allmhairiú, Díol agus Monarú Frithghiniúnacha 1974. Ach reáchtáladh vóta saor sa Dáil agus cuireadh go tréan i gcoinne é; vótáil an Taoiseach, Liam Cosgrave féin, ina éadan.

Tháinig an t-athrú seo i bhfeidhm faoin Acht Sláinte (Beartú Muiríne) 1979 de chuid Fhianna Fáil.

Bhí Cooney ina ina Aire Cosanta 1982-1986 agus ina Aire Oideachais, 1986-1987, nuair a bhris scannal amach. Tugadh comhairle dlí dó gur ghníomh mídhleathach a bhí ann múinteoir neamhcháilithe a fhágáil ag teagasc sa bhunscoil ar an Sraith Salach in áit an Phríomhoide, Bríd Ní Dhomhnaill. Bhí an scannal ina cause célèbre do lucht na teanga.

Chaith sé tréimhse freisin mar Fheisire Eorpach 1989-1994.