Brydan Klein partecipa al circuito ITF junior dal 2003 al 2007. Proprio nel suo ultimo anno da junior conquista l'Australian Open ragazzi sconfiggendo in finale il francese Jonathan Eysseric con il punteggio di 6-2, 4-6, 6-1. Grazie a questo successo raggiunge il suo best ranking conquistando la posizione n° 4 della classifica ITF Junior.

A partire dal 2005 inizia ad alternare futures e challenger con i tornei del circuito ITF Junior. Il primo successo a livello futures viene conquistato il 7 ottobre 2007 a Sawtell in Australia nell'Australia F6 Futures 2007 dove sconfigge il connazionale Miles Armstrong con il punteggio di 6-1, 6-3. Questo successo gli permette di entrare nei primi 600 del ranking ATP.

Ottiene una wild card per il tabellone principale dell'Australian Open dove, tuttavia, perde al primo turno dal cileno Paul Capdeville con il punteggio di 4-6, 5-7, 4-6. Successivamente, grazie a buone prestazioni nel circuito futures, tra cui le vittorie a Mildura, Hamilton e Minsk tra febbraio e giugno, inizia a prendere parte a tornei del circuito challenger. Nel challenger di New Delhi in India, in particolare, riesce a raggiungere le semifinali cedendo il passo all'irlandese Conor Niland.

Inizia il 2009 ricevendo una wild card per il tabellone principale del Brisbane International 2009, dove viene subito sconfitto dal ceco Tomáš Berdych, e dell'Australian Open nel quale ottiene il suo primo successo in un torneo del circuito ATP sconfiggendo al primo turno il tedesco Björn Phau per essere poi sconfitto dallo svizzero Stan Wawrinka. In febbraio conquista il suo primo successo nel torneo challenger, vincendo il McDonald's Burnie International 2009, grazie alla vittoria in finale sullo sloveno Grega Žemlja. A maggio ottiene la sua prima convocazione in Coppa Davis nel match contro la Thailandia; in questa occasione, tuttavia, viene sconfitto da Danai Udomchoke con il punteggio di 2-6, 2-6, 5-7. A giugno grazie ad una sofferta vittoria per 6⁽²⁾–7, 7–6⁽³⁾, 7–6⁽⁴⁾ sul sudafricano Raven Klaasen si qualifica al tabellone principale dell'AEGON International 2009 dove verrà poi sconfitto al secondo turno dal serbo Janko Tipsarević dopo aver vinto con il russo Tejmuraz Gabašvili. Il 2009 per Brydan Klein termina precocemente poiché a seguito del torneo viene squalificato per sei mesi dal circuito ATP per avere apostrofato Raven Klaasen con insulti razziali nel match di qualificazione sopra citato.

Brydan Klein non riesce a difendere i punti ottenuti all'inizio del 2009 con il secondo turno dell'Australian Open, perdendo in soli due mesi più di 200 posizioni nel ranking ATP, raggiungendo a marzo lo spot n. 462 del ranking. Nel circuito futures conquista la vittoria nell'USA F9 Futures 2010 a Little Rock, nell'Australia F3 Futures 2010 a Ipswich e nell'Australia F4 Futures 2010 a Bundaberg. Termina l'anno conquistando 4 finali nei futures locali e raggiungendo la posizione n. 211 del ranking ATP.