Kemper era l'unico figlio maschio nato dall'unione tra Edmund Emil Kemper Jr. e Clarnell Strandberg. Da bambino era estremamente brillante, ma manifestò sintomi di disturbi psichici fin dalla giovane età: si divertiva a torturare e uccidere gli animali, faceva strani giochini sessuali con le bambole delle sorelle ed era un piromane; una volta, quando sua sorella gli disse di dare un bacio a un'insegnante, ebbe una crisi di rabbia e le rispose: «Per baciarla dovrei prima ucciderla».^[2] Kemper era molto attaccato al padre e rimase devastato dal divorzio dei suoi genitori avvenuto nel 1957, essendo stato affidato alla madre, che lo portò a vivere nel Montana. Aveva un rapporto pessimo con sua madre, Clarnell, poiché lei trattava il padre con sufficienza e disprezzo, sbeffeggiandolo per il suo lavoro manuale. Clarnell voleva che suo figlio diventasse più forte del padre, che riteneva debole, e voleva scongiurare qualsiasi possibilità che diventasse omosessuale. Inoltre, la madre era spaventata dalle tendenze sadiche del figlio e, di conseguenza, lo trattava in maniera più severa rispetto alle sue sorelle. Clarnell faceva spesso dormire il figlio chiuso in cantina, perché temeva che potesse violentare la sorella più piccola.^[3]

Nell'estate del 1963 Kemper scappò di casa per andare a cercare il padre in California. Una volta lì, scoprì che il padre si era risposato e non voleva avere più niente a che fare con lui; Kemper padre piazzò il figlio dai nonni, Edmund e Maude Kemper, affinché si occupassero di lui. I nonni vivevano in un ranch sulle montagne nel North Fork, in Arizona. Kemper trovò deprimente vivere lì, specialmente perché detestava sua nonna e il modo in cui lei trattava suo nonno, che gli ricordava molto sua madre. Il 27 agosto 1964 Kemper sparò alla nonna mentre era seduta al tavolo della cucina intenta a scrivere le pagine conclusive del suo libro di fiabe. Quando suo nonno rincasò, Kemper sparò anche a lui. Poi telefonò alla madre, che lo convinse a chiamare la polizia. Interrogato, disse che «voleva solo sentire cosa si provasse a uccidere la nonna» e che uccise anche il nonno perché sapeva che si sarebbe arrabbiato con lui per quello che aveva fatto e perché non voleva causargli il dolore di sapere che sua moglie era morta.^[4]

Kemper fu internato nell'Ospedale Psichiatrico Criminale di Atascadero, dove divenne amico del suo psicologo e diventò persino suo assistente. Come risultato dei test su di lui effettuati, si scoprì che possedeva un quoziente d'intelligenza di 136; in un secondo test che gli fecero fare ottenne un QI di 145. Grazie alla sua intelligenza, si guadagnò la fiducia dello psicologo ed ebbe accesso ai risultati dei test sugli altri prigionieri.

Kemper venne scarcerato nel 1969, dopo aver scontato una pena di meno di cinque anni di detenzione. Contro il parere di molti dottori dell'ospedale psichiatrico, venne riaffidato alla madre. Kemper riuscì a convincere gli psichiatri di stare bene e di essersi lasciato alle spalle i suoi problemi giovanili. Fece una serie di lavori estemporanei prima di trovare un impiego nel dipartimento dei lavori pubblici (sezione autostrade) dello Stato della California. All'epoca, era alto più di due metri e pesava circa 136kg ed era noto come un giovane rispettabile e serio, tanto da aver stretto una solida amicizia con il capo della polizia della sua città, che lo aveva soprannominato affettuosamente «Big Ed» e lo invitava spesso a casa sua.

Tra il maggio 1972 e il febbraio del 1973, Kemper commise una serie di omicidi, raccogliendo dalla strada giovani autostoppiste, portandole in zone rurali isolate e uccidendole. Accoltellava o strangolava le vittime per poi portarne i cadaveri nel suo appartamento, dove abusava dei corpi per poi sezionarli. Uccise così sei studentesse (di cui quattro della UC Santa Cruz e una del Cabrillo College). Spesso usciva a caccia di vittime quando litigava con sua madre.

Interrogato in carcere, ammetterà di aver compiuto anche atti di cannibalismo su almeno una delle sue vittime. Kemper dichiarò infatti: «Effettivamente ho divorato in parte la mia terza vittima. Ho tagliato dei pezzetti di carne che avevo messo nel congelatore. Una volta scongelata, ho cotto la carne in un pentolino con delle cipolle. Poi ho aggiunto della pasta e del formaggio».^[8]

Al processo si dichiarò infermo di mente, ma venne giudicato colpevole di otto omicidi. Fu richiesta la pena di morte ma, essendo stata sospesa all'epoca, fu condannato all'ergastolo. Kemper non ha mai mostrato nessun segno di rimorso e non ha mai chiesto scusa ai genitori e parenti delle sue vittime. Anzi è parso addirittura orgoglioso del suo acume criminale e del fatto che, per arrestarlo, la polizia abbia dovuto attendere che fosse lui stesso a costituirsi. Dal 1973, anno della condanna, Ed Kemper si è laureato e insegna informatica in carcere e partecipa attivamente a un programma di trascrizione di opere letterarie in alfabeto Braille per i ciechi. Queste attività gli hanno procurato diversi premi dall'amministrazione carceraria americana. Edmund Kemper resta comunque recluso dal 1973 nella California State Prison, di Vacaville, California.

Ad Atascadero, gli psichiatri e gli assistenti sociali della California Youth Authority non erano d'accordo con le diagnosi degli psichiatri del tribunale. I loro rapporti affermavano che Kemper non mostrava "alcun volo di idee, nessuna interferenza con il pensiero, nessuna espressione di deliri o allucinazioni e nessuna prova di pensieri bizzarri".^[16] Osservarono anche che era intelligente e introspettivo. I test iniziali misurarono il suo QI a 136, più di due deviazioni standard sopra la media.^[14] A Kemper fu nuovamente diagnosticata una condizione meno grave, un "disturbo dei tratti della personalità, di tipo passivo-aggressivo".^[16] Successivamente, durante la sua permanenza ad Atascadero, gli fu fatto un altro test del QI, che produsse un risultato più alto di 145.^[10][17]

Kemper divenne molto popolare tra i suoi psichiatri poiché si rivelò un detenuto modello e venne formato per somministrare test psichiatrici ad altri detenuti.^[14][16] Uno psichiatra in seguito disse: "Era un ottimo lavoratore[,] e questo non è tipico di un sociopatico . Era davvero orgoglioso del suo lavoro." ^[16] Kemper divenne anche un membro dei Jaycees mentre era ad Atascadero e affermò di aver sviluppato "alcuni nuovi test e alcune nuove scale sul Minnesota Multiphasic Personality Inventory", in particolare una "Scala di Aggressività Manifesta", durante il suo lavoro con gli psichiatri di Atascadero. Dopo il suo secondo arresto, Kemper disse che essere in grado di capire come funzionavano questi test gli permetteva di manipolare i suoi psichiatri, ammettendo di aver imparato molto dai molestatori sessuali a cui somministrava i test.^[16]