Vimperator のヒントモードは、通常マウスでクリックできるウェブページの要素（リンク、ボタン、チェックボックス等）などを全てキーボードから選択可能にする。ヒントモードを実行するとページ中の全てのクリック可能な要素が数字（拡張によりアルファベットに変更可能）でタグ付けされ、ユーザはその数字をタイプすることによって要素を選択できる。また、ヒントモードの種類によって、クリック動作、フォーカス動作、リンク先URLのヤンク（クリップボードへのコピー）など様々なアクションを切り替えることが可能である。

この機能はもともと （ヒット・ア・ヒント） という別の拡張機能の機能であったが、Vimperator の開発時に早い段階から取り込まれ、実装を書き直すことでアクションの切り替えの追加や、リンクの多いページでの動作の高速化を達成した。

Vimperator のほとんどの機能は、ウィンドウ下部に表示される Vim 風のコマンドラインから起動可能である。Vim と同じくコマンドは　（コロン） から始まり、 が押されるとVimperator の制御はコマンドラインモードに移る。

Vimperator は強力な自動補完機能を備えている。例えば通常「t」で起動する「新しいタブで開く」機能では、ローカルのブックマークを元にしたURL中の語句やページタイトルによる補完、グーグル・サジェストによる検索キーワードの補完など様々な種類の補完が可能である。補完候補は および + で移動でき、事実上ブックマークサイドバー等を使わずにブックマークを検索・閲覧することもできる。

「操作に慣れるまでが長い」という Vim 系特有の欠点を緩和するために、Vimperator は充実したヘルプを用意している。ユーザは「help」（または「h」）コマンドを起動することで、Vimperator において利用可能なすべてのコマンド操作を掲載したヘルプページを閲覧できる。

Vimperator の機能は、ウェブ上で配布されている .js ファイルを指定されたディレクトリに置くことで拡張可能である^[2][3]。既に多くの拡張機能が配布されており、「単にインストールしただけでは Vimperator を使っているとは言えない」と言われる位である。

.vimperatorrc（Windows では vimperatorrc）というテキストファイルを編集することで、Vimperator の基本的な挙動を自由に変更できる。 や で戻るや進む、 や の移動量を増やしたり、コマンドモードに移行する起点となる をそれ以外の任意の押しやすいキーに差し替えて操作性を上げたりすることができる。vim でいえば、vimrc に相当する設定ファイルである。