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公共Galaxyサーバー（微生物関連）
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Last updated at Posted at 2017-12-07
このページでは、微生物の解析に利用できる公共Galaxyサーバー（Public Galaxy Servers）の一覧を示します。
Center for Phage Technology (CPT)
ファージの自動アノテーション。
多くのgenbank/gff3形式ファイル処理ツールが含まれています。
MISSISSIPPI
エピジェネティクス、メタゲノミクス、RNA配列データ解析
Orione
微生物NGS解析。
リードの前処理、マッピング、アセンブル、アノテーション、RNA-Seq、メタゲノム解析。
RNA-Rocket @ Pathogen Portal
感染症研究のためのRNA-Seq解析リソース。
VectorBase Galaxy
ヒト病原体の無脊椎動物ベクターに関する参考情報とワークフロー。
VirAmp
ウイルス ゲノム アセンブリ
- 論文 Wan et al. (2015) "VirAmp: a galaxy-based viral genome assembly pipeline."
- 日本語チュートリアル VirAmp_Workflows
ARGs-OAP
メタゲノムにおける抗生物質耐性遺伝子の同定
- video
- 論文 Yang et al. Bioinformatics. 2016 "ARGs-OAP: online analysis pipeline for antibiotic resistance genes detection from metagenomic data using an integrated structured ARG-database."
BioMaS
環境微生物群集の分類
BitLAB
メタゲノム解析
- tutorial
- 論文 Pérez-Wohlfeil et al. BMC Genomics. 2016 "Computational workflow for the fine-grained analysis of metagenomic samples."
Huttenhower Lab
メタゲノム・機能的ゲノム解析
- 日本語チュートリアル Huttenhower_Lab_Workflows
MBAC Metabiome Portal
マイクロバイオーム、メタボローム、immunomeデータ（Metabiome）解析
USMI Galaxy Demonstrator
微生物の情報を統合。
プロジェクトはまだ開発段階にあります。
- NOT PEER-REVIEWED USMI Galaxy Demonstrator (UGD): a collection of tools to integrate microorganisms information [PeerJ Preprints]
VarCap
原核生物の変異（SNP, InDel, 構造多型）予測。
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