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GenomicRangesパッケージにおけるreduceとdisjoinの扱い
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Last updated at Posted at 2013-04-04
データセットの準備
library(GenomicRanges)ir<-IRanges(c(1,8,14,15,19,34,40),width=c(12,6,6,15,6,2,7))strand<-rep(c("+","-"),c(4,3))grngs<-GRanges(seqnames="chr1",ranges=ir,strand=strand,seqlengths=c("chr1"=50))>grngsGRangeswith7rangesand0metadatacolumns:seqnamesrangesstrand<Rle><IRanges><Rle>[1]chr1[1,12]+[2]chr1[8,13]+[3]chr1[14,19]+[4]chr1[15,29]+[5]chr1[19,24]-[6]chr1[34,35]-[7]chr1[40,46]----seqlengths:chr150青、赤の色分けはそれぞれゲノム上の+鎖、－鎖に対応させている。
reduce
＋鎖、－鎖に存在するGRangeオブジェクトを個別にそれぞれつなげてくれる。
👁 reduce
disjoin
各GRangeオブジェクトについて、他のGRangeオブジェクトと重ならない部分を抽出する。
👁 disjoin
なお、上の図は http://www.bioconductor.org/help/course-materials/2009/GenentechNov2009/Module7/IRanges.R を参考に、以下のコードで描画しました。
条件分岐による色分けをするには、col= 引数にifelse()を与えてあげると便利です。
plotRanges<-function(x,xlim=x,main=deparse(substitute(x)),sep=0.5,...){height<-1if(is(xlim,"Ranges"))xlim<-c(min(start(xlim)),max(end(xlim)))bins<-disjointBins(IRanges(start(x),end(x)+1))plot.new()plot.window(xlim,c(0,max(bins)*(height+sep)))ybottom<-bins*(sep+height)-heightrect(start(x)-0.5,ybottom,end(x)+0.5,ybottom+height,col=ifelse(as.data.frame(x)$strand=="+","blue","red"),...)title(main)axis(1)}png("qiita-20130404-default.png",width=640,height=320)plotRanges(grngs,xlim=c(1,50))dev.off()png("qiita-20130404-reduce.png",width=640,height=320)plotRanges(reduce(grngs),xlim=c(1,50),main="reduce")dev.off()png("qiita-20130404-disjoin.png",width=640,height=320)plotRanges(disjoin(grngs),xlim=c(1,50),main="disjoin")dev.off()Register as a new user and use Qiita more conveniently
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