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1676年，俄國特使米列斯庫自北京返國，竟然啟奏沙皇，敦促其派軍掃平中國，可謂狂妄而不可一世。此後，雖說俄國未輕信米列斯庫，遣大軍進攻，卻未間斷在中國黑龍江流域搶劫居民，擄掠婦女，勒索毛皮和在中國江河偷採集珍珠。大清理藩院數次譴責，俄國均置之不理。
1677-1679年，俄國人還在中國境內的精奇里江岸，構建數座城堡，擴充軍備，劫掠毛皮，勘驗礦藏，收集情報，一步步試探滿清政府的底線。1680-1681年，沙皇一面任命御前侍衛弗耶科夫出任尼布楚統領，一面派遣曾出使北京的米洛萬洛夫，沿精奇里江順流而下，偵察兩岸，繪製地圖，再修新堡，同時增兵此地，並封米洛萬洛夫為精奇里城堡寨主。1682年之後，俄國進犯北方加劇，瘋狂築堡蠶食領土，野蠻搶掠部族無辜，造成了各部族極大恐慌，邊疆部族民不聊生，他們的抵抗也愈演愈烈，羅剎之患，已在中國北部邊疆釀成重災。
清朝典籍《扈從東巡目錄》和《八旗通志》記載，備受「三藩之亂」拖累的康熙，終於在1681年（康熙十九年）平息了內亂，他立即騰出手來，加強北方防務，準備與哥薩克打仗，更謀求與俄國協商解決邊界問題，他雖然內心鄙視俄國，但是扎烏拉村一戰，亦給他內心留下陰影。最重要的，是康熙不想北方大戰，攪亂內地。
1月28日，康熙派遣大理寺正清明愛與理藩院郎中額爾塞，前往精奇里江流域，與俄國人談判。行前，康熙提醒他們道：「羅剎乃極邊絕域外國之小人，具不可信。」足見康熙對俄國人的本性，有一定的認識。
為北方安危，早在1676年，清朝即將鎮守東北邊疆的寧古塔將軍治所，移至烏喇（今吉林市）。1681年，康熙為抗俄，開始厲兵秣馬，寧古塔將軍治所，成為前敵總指揮部，寧古塔都統為巴海。1682年5月12日，康熙北巡，視察盛京和烏喇防務，鼓舞軍隊士氣。9月，清朝以獵鹿為名，派偵察部隊前出雅克薩，偵察黑龍江水陸地形，以及城內俄軍動靜。1683年1月，康熙又命巴海，備齊木料，組織工匠在烏喇造船，數量多達百餘艘，再命寧古塔將軍巴海和副都統薩布素，前駐黑龍江，沿江建造木城，屯糧擴軍，貯備武器，操演訓練。至1684年年初，已有戰備糧90%以上，即4570石運抵璦琿、烏喇一線。
寧古塔都統巴海，於1683年5月4日，將清朝駐兵情況啟奏康熙，提出對雅克薩城堡進行「速行征剿」計劃。後康熙帝宣諭，令巴海留守。當年，巴海因謊奏叟登等處豐收，巴海被奪官、革職，康熙任命薩布素主持黑龍江軍務，並計劃1683年冬季與俄開戰。但薩布素提出冬季作戰難度大，因為，理由是，軍人需要分批換防，璦琿城牆也需要鞏固，康熙遂將進攻時間挪至1684年春季，降旨，命清軍搶先割去俄軍莊稼，擬斷糧逼迫其退卻，再行進攻。熟料，清軍備戰延宕至1684年6月中旬，雅克薩俄軍已收割完城外的莊稼，城內糧草充足。再者，1685年1月，康熙還在忙於從山東、河南和山西三省，為進攻部隊遴選藤牌大刀隊隊員，致使出擊雅克薩計劃再次延宕。
從1681至1684年期間，康熙便多次派遣信使，與俄方談判和致函沙皇，規勸其停止侵略，希望政治解決中俄邊界問題。但沙皇不僅置之不理，且態度狂傲，竟派遣軍貴族官托爾布欣，前來雅克薩城堡坐陣，還不見斷對我邊陲武力襲擾。1683年秋，沙皇亦感戰爭迫近，一面宣布將雅克薩納入俄國統轄區，一面從西伯利亞增兵1000名，馳援雅克薩，其半途為部族武裝遲滯，後雅克薩開戰，他們也未趕到。
中國方面，1685年2月，康熙降旨，由彭春、郎談、班達爾沙、薩布素、馬喇和林興珠組成戰鬥指揮部。5月30日，璦琿清軍，分水陸兩線進發雅克薩。6月14日，彭春率清軍先頭部隊抵達雅克薩城外，搶先奪取俄軍牧場上的馬群，使得城堡內俄軍騎兵失去坐騎，無法衝擊和逃遁。6月20日，清軍大部隊乘船和騎馬，抵達雅克薩城下。6月21日，彭春遵康熙聖諭，向雅克薩俄軍頭目托爾布欣，發出滿、蒙、俄三種文字的最後通牒，嚴正通告他們，從速撤回雅庫特，以免被殲滅，如執迷不悟，抗命不從，則必陷滅頂之災。然而，托爾布欣卻對此置若罔聞，企圖依託城堡，不僅對最後通牒出言不遜，而且還準備負隅頑抗。
原來，他們在清軍圍城之時，便向尼布楚等地的哥薩克發出求援信，他們確信，友軍會解雅克薩之危。6月25日，清軍攻城當日，救援俄軍40餘人，從黑龍江上游乘木筏而至，即被清水軍圍堵招降，俄軍拒降，開槍還擊，清軍躍上木筏，將其悉數消滅，還生擒俄軍家眷15人。當夜，清軍經過仔細勘查地形，他們從四面同時發動攻勢，從城南進兵佯攻，投檔排土壟，施放弓弩，同時潛進紅衣炮，於城北主攻之，再從兩翼放神威將軍炮夾攻俄軍，還在城東南布下戰船，以備水戰。戰鬥持續一整夜，清軍的炮火轟塌俄軍的城樓及城堡多處，城中的教堂、鐘樓、店鋪、糧倉等，多處起火燃燒，烈焰滾滾，黑煙陣陣。戰鬥直打到翌日上午，清軍仍未破城。彭春遂下令焚城，清兵於雅克薩城牆外三面垛柴，就在他們準備點火之時，托爾布欣的哥薩克部隊終於全面崩潰，差人舉旗乞降。郎談、班達爾沙等人前去受降。
《八旗通志》記載，俄軍投降後，清軍根據康熙「仁治天下，素不嗜殺」的聖諭，允許托爾布欣一行攜帶輕武器退走尼布楚，還為其備齊戰馬和糧草，確保一路無憂。托爾布欣等人對此感恩涕零，還信誓旦旦地發誓：今生再不騷擾雅克薩城。
但是他一到尼布楚城堡，立即變臉，他在給上司的信中說，戰鬥失利後，他們飽受清軍虐待，為了不做中國的俘虜，盡忠沙皇，繼續戰鬥，他們逃出了雅克薩，一路衣不蔽體，食不果腹，狼狽不堪。他為了給他的失敗找藉口，還故意誇大中國兵力強悍，信中說，中國圍剿雅克薩的部隊，計有木船100艘，每艘載有水軍50名，騎兵1000餘人，總人數至少6000以上；還配有戰炮100門，攻城大炮40門，還有大量的榴彈和輕型火器。當時被圍困在雅克薩城內的俄軍，人數只有350人（另說450人），城堡內共有城防大炮3門、炮彈若干、火繩槍300支，火藥和鉛彈均數量有限，而且不少火繩槍已經破舊，射擊時會炸裂，造成俄軍自傷。
實際上，根據《郎談傳》記載，托爾布欣6月25日投降時，從雅克薩城內撤走的俄國人至少600人，還不算戰死的，而清軍的參戰人數，為3000餘人，其中還包括達斡爾族、滿族和蒙古族等諸個部族的民兵。其次，清軍在軍事裝備現代化方面，遠不可企及俄軍。清軍雖有大炮轟城，但攻城時，至少有400-500人使用冷兵器，他們手執藤編盾牌，揮舞片刀衝鋒陷陣。而俄軍城防堅固，火力強勁，且哥薩克士兵幾乎全部使用火繩槍作戰，構成對中國軍民不小的殺傷力。其實，早在1652年4月烏扎拉村一役，清軍就暴露出，武器裝備現代化遠不及俄軍缺陷，時隔30年，直到雅克薩攻城戰時仍未改善。所幸，康熙在戰前情報、糧草物資等方面準備充分，加上他北巡視察，調整將帥，在一定程度上彌補了清軍戰時的裝備劣勢。
俄國敗軍退卻後，清軍收復雅克薩，卻未收割俄軍留在在城外的莊稼，他們僅僅點燃了城牆下架好的乾柴，把俄國人曾經盤踞的雅克薩付之一炬，便撤回璦琿城去了。雅克薩大捷，深遂康熙之心。康熙覺得，中國北疆大患已除，他在戰後總結表彰有功之臣時說，大清「兵馬精強，器械堅利，羅剎勢不能敵。」
然而僅過了一個月後，尼布楚城堡督軍弗拉索夫，即派遣70人哥薩克小隊重返雅克薩城偵察。1685年8月，清軍的手下敗將托爾布欣，便率領大批俄軍重返雅克薩，秋季之前，他們不僅重建了城堡，而且還架炮布防，欲與中國再決雌雄。
