El juny de 2018, després de convertir-se en l'únic productor creador de la sèrie Star Trek: Discovery, Alex Kurtzman va signar un contracte global de cinc anys amb CBS Television Studios per expandir la franquícia Star Trek més enllà de Discovery a diverses sèries, minisèries i sèries animades noves.^[19] Després de l'anunci de la comèdia d'animació per a adults Star Trek: Lower Decks, Kurtzman va dir el gener de 2019 que s'estrenaria almenys una sèrie animada més com a part de la seva expansió. Aquesta seria una sèrie "centrada en els nens" que podria ser estrenada en una cadena diferent del servei de streaming més centrat en adults CBS All Access (més tard rebatejat com a Paramount+) on s'emetien les altres sèries de "Star Trek" sota la direcció de Kurtzman. Kurtzman va dir que altres sèries d'animació serien diferents de "Lower Decks" tant en to com en estil visual. Aquest últim es podria aconseguir mitjançant una tecnologia diferent.^[20]

Kevin i Dan Hageman es van unir a la sèrie com a guionistes a mitjans de febrer de 2019, quan Nickelodeon estava en converses per emetre la sèrie, ja que els seus espectadors coincideixen amb el públic objectiu més jove de la sèrie. S'esperava que el projecte fos una "sèrie important" per a la cadena sota el seu nou president Brian Robbins.^[21] Un mes després, Kurtzman va confirmar el projecte i va dir que les negociacions amb Nickelodeon estaven gairebé acabades. Esperava que la sèrie estigués a punt per al seu llançament el 2021 o el 2022.^[22] Nickelodeon va encarregar oficialment la sèrie a finals d'abril de 2019 i es va confirmar que els germans Hageman escrivien i eren productors executius de la sèrie juntament amb Kurtzman, Heather Kadin de Secret Hideout, Rod Roddenberry (fill del creador de "Star Trek" Gene Roddenberry) i Trevor Roth de Roddenberry Entertainment, i l'executiva d'animació de CBS Television, Katie Krentz.^[23] Kadin va revelar a l'octubre de 2019 que Nickelodeon havia encarregat dues temporades de la sèrie a causa del treball d'animació que calia. També va explicar que els Hageman van ser contractats pel seu treball en sèries infantils anteriors que no restaven importància al públic i que encara eren visibles per a espectadors més grans. Creia que els fans més grans de "Star Trek" podrien veure la sèrie amb els seus fills per introduir-los a la franquícia.^[24]

En un article sobre la franquícia "Star Trek" del gener de 2020, "The Wall Street Journal" va llistar la sèrie com a "Star Trek: Prodigy".^[25] Aquest títol es va confirmar oficialment al juliol, juntament amb una data d'estrena del 2021. Ramsey Naito supervisava la sèrie per a Nickelodeon com a vicepresident executiu de producció i desenvolupament d'animació.^[26] Ben Hibon va ser anunciat com a director, coproductor executiu i líder creatiu de la sèrie a l'agost de 2020. Naito va descriure Hibon com "un narrador increïble i un constructor de mons amb una visió diferent" per a la sèrie.^[27] El febrer de 2021, ViacomCBS va anunciar que Prodigy debutaria al servei de streaming Paramount+ juntament amb la resta de l'Univers Star Trek.^[28] La vicepresidenta executiva de desenvolupament i programació de Paramount+, Julie McNamara, va dir que tindrien "el millor dels dos mons" amb aquest moviment presentant la sèrie als fans de l'altra sèrie de Star Trek del servei abans de portar-la a nous públics a Nickelodeon. Va afegir que les dades d'audiència de CBS All Access mostraven que els fans de "Star Trek" també veien la sèrie animada "Avatar, la llegenda de la Korra" al servei, i aquest va ser un altre factor per decidir afegir "Prodigy" a Paramount+.^[29] En aquell moment, es va revelar que la primera temporada tenia 20 episodis.^[30]

Paramount+ va confirmar oficialment una segona temporada de 20 episodis el novembre de 2021.^[31][17] El guionista de la primera temporada Aaron Waltke va ser ascendit a co-guionista principal i coproductor executiu de la segona temporada.^[32] Un any més tard, Waltke va dir que havia parlat de continuar la sèrie més enllà de les dues primeres temporades amb els Hageman i esperaven que pogués durar set temporades abans d'expandir-se a les pel·lícules;^[33] Kevin Hageman va explicar que pensava que la franquícia "Star Trek" podria necessitar una "sèrie de pel·lícules d'animació èpica que tingui una nova aventura cada dos anys que tota la família pugui anar a veure".^[34] El juny de 2023, Paramount+ va cancel·lar diverses sèries originals i les va eliminar del servei de streaming a canvi d'un "càrrec per deteriorament del contingut". Això incloïa Star Trek: Prodigy, i va ser part dels canvis més amplis de reducció de costos que estaven fent molts serveis de streaming.^[35] Tampoc s'esperava que la sèrie tornés a Nickelodeon.^[36] L'equip va continuar treballant en la segona temporada mentre la CBS buscava un altre servei o cadena de streaming per estrenar-la.^[35][37] L'octubre de 2023, la sèrie va ser adquirida per Netflix.^[38]

El juny de 2024, els Hageman van expressar la seva esperança que l'audiència de Netflix fos prou gran perquè el servei demanés una tercera temporada, tot i que consideraven que això era poc probable. També estaven oberts a continuar la sèrie a través d'un franquícia cinematogràfica.^[39] El maig de 2025, Netflix va decidir deixar que la llicència de la sèrie caduqués. Els Hageman van dir que l'eliminació de la sèrie del servei de streaming era "desconcertant", però no es devia a "manca d'audiència ni a res nefast". Van mantenir l'esperança que un altre servei reprengués la sèrie perquè pogués continuar, dient que "la propera generació de fans de Trek s'ho mereix".^[40] No s'havia començat a treballar en una tercera temporada aquell juliol, i Matt Webb Mitovich de TVLine ho va considerar improbable, i va assenyalar la decisió de Netflix de deixar que caduqués la llicència i el màrqueting de la segona temporada per part de Paramount Global Content Distribution com la "temporada final".^[41]

Els germans Hageman van anunciar la sala de guionistes de la sèrie el juliol de 2019, que incloïa Julie i Shawna Benson, Diandra Pendleton-Thompson, Chad Quandt, Aaron Waltke, Lisa Shultz Boyd, Nikhil Jayaram, Erin McNamara i Keith Sweet.^[43] L'autor de Star Trek David Mack va exercir de consultor i assessor de la sèrie.^[44] L'astrofísica Erin Macdonald també va exercir de consultora de la sèrie després de ser contractada com a assessora científica general per a la franquícia Star Trek. Va treballar a la sala de guionistes,^[45] i, a diferència de les altres sèries de "Star Trek", per a la qual es va centrar en la precisió científica, el seu paper a "Prodigy" es va centrar en l'educació STEM per al públic objectiu més jove de la sèrie.^[46]

La sèrie presenta un grup de joves extraterrestres del distant Quadrant Delta que aprenen sobre la Flota Estel·lar i els seus ideals, cosa que introdueix els conceptes de "Star Trek" a un públic nou i jove. Kevin Hageman va sentir que els espectadors joves potser no es podrien identificar amb els "oficials completament formats" que protagonitzen la majoria de les sèries de "Star Trek", per la qual cosa "Prodigy", protagonitzada per personatges més joves, també ajudava a involucrar el públic objectiu.^[47] Waltke va explicar que les dues primeres temporades es van escriure per explicar una història contínua al llarg de quatre "miniarcs" de 10 episodis.^[17] Va dir que la sèrie canviaria de to cada temporada a mesura que els personatges creixin perquè els guionistes veien la sèrie com una història sobre joves que s'uneixen a la Flota Estel·lar i pugen de categoria. files. Waltke també va dir que la sèrie no ignoraria els esdeveniments d'altres projectes de Star Trek ambientats durant la dècada del 2380,^[18] incloent-hi les sèries concurrents Lower Decks i Star Trek: Picard. Els guionistes van treballar amb els productors creadors de les altres sèries per garantir la continuïtat.^[48]

Durant la New York Comic Con a l'octubre de 2020, es va anunciar que Kate Mulgrew repetiria el seu paper de Kathryn Janeway de Star Trek: Voyager. S'esperava que es revelés més informació sobre el càsting de la sèrie en els mesos següents.^[14] Kurtzman va dir que tornar a portar Mulgrew formava part de la proposta inicial dels Hageman, i va sentir que el seu raonament era prou convincent per complir els seus requisits que els "personatges llegats" com Janeway només fossin revisats per a una raó específica. La producció havia contactat amb Mulgrew per protagonitzar la sèrie un any abans de l'anunci oficial, i Kurtzman es va sorprendre que la seva participació no s'hagués filtrat durant aquest temps.^[49] Inicialment, Mulgrew es va mostrar reticent a unir-se a la sèrie, però després de diversos mesos de negociacions la van convèncer de repetir el seu paper amb la idea d'introduir "Star Trek" a una nova generació de fans.^[50] La versió de Janeway de la sèrie és un holograma a bord de l'USS Protostar que es basa en la semblança del personatge original,^[3] tot i que també hi apareix la Janeway real.^[15] L'holograma Janeway ajuda a entrenar la tripulació del pont de la sèrie, formada per sis joves inadaptats,^[3][29] que són tots extraterrestres en lloc d'humans, una novetat per a la franquícia Star Trek.^[51] El repartiment de veus principal es va anunciar el juny de 2021, incloent-hi Rylee Alazraqui com a Rok-Tahk, Brett Gray com a Dal, Angus Imrie com a Zero, Jason Mantzoukas com a Jankom Pog, Ella Purnell com a Gwyn i Dee Bradley Baker com a Murf.^[7] A finals d'agost, es va anunciar que John Noble posaria la veu al pare de Gwyn, l'Endeví, i Jimmi Simpson interpretaria el Drednok, el robòtic executor de l'Endeví.^[11]

Quan es va anunciar la sèrie, Kurtzman esperava que trigaria aproximadament un any a completar-se el treball d'animació de cada temporada.^[22] Durant les seves converses inicials quan Hibon es va unir al projecte, els Hageman van dir que volien crear un abast "èpic" sense perdre els personatges ni l'emoció. L'ús d'animació generada per ordinador va ser l'elecció lògica per a Hibon, ja que considerava que donaria a la producció totes les eines que necessitaven per crear una sèrie cinematogràfica a l'altura de les entrades d'acció real de la franquícia.^[47] L'ús d'animació CG també va diferenciar Prodigy de la sèrie animada anterior Star Trek, Star Trek: La sèrie animada i Lower Decks.^[52][53] L'estil de disseny de la sèrie es va desenvolupar primer mitjançant dibuixos en 2D abans de ser animat amb animació CG en 3D,^[47] i Kurtzman la va comparar amb la sèrie antològica animada Love, Death & Robots en termes de "bellesa, il·luminació i cinema".^[53] Kadin va comparar encara més l'estil al treball previ dels Hageman a la sèrie animada Ninjago i Trollhunters,^[24] mentre que Kurtzman va dir que l'animació de la sèrie tenia qualitat de llargmetratge i que es mantindria si es projectés als cinemes.^[29] A l'agost de 2020, Kurtzman va dir que el treball en l'animació de la sèrie "avançava a tota màquina" en contrast amb la sèrie d'acció real Star Trek que s'havia endarrerit per la pandèmia de COVID-19.^[54]

Els dissenyadors de la sèrie van intentar que els dissenys inicials semblessin més sòlids que les sèries anteriors de Star Trek. La seva intenció era integrar més del "llenguatge clàssic" dels dissenys de "Star Trek" a "Prodigy" a mesura que els personatges principals s'acosten a la Federació i la Flota Estel·lar.^[47] La "Protostar", la nau central de la sèrie, té un disseny similar a l'USS "Voyager". La seqüència de títols d'obertura de la sèrie segueix el "Protostar" a través de diverses anomalies espacials, planetes i camps de runes que es formen en imatges del repartiment principal.^[55]

L'agost de 2020, Kurtzman va dir que Nami Melumad havia estat contractada per compondre la música d'una nova sèrie de "Star Trek" després d'impressionar amb el seu treball al curtmetratge "Q&A" de "Star Trek: Short Treks". No va revelar per a quina sèrie l'havien contractat, però es creia que podria ser Prodigy basant-se en l'activitat de Melumad a Twitter.^[56] Es va confirmar que componia per a la sèrie a l'octubre.^[57] El tema principal va ser compost per Michael Giacchino, que va supervisar el treball de Melumad a Short Treks i també va compondre la música per a les pel·lícules de la línia temporal Kelvin de Star Trek.^[55][58] Melumad se sentia còmoda treballant amb el tema de Giacchino després del seu treball anterior junts, i perquè el seu estil estava influenciat pel seu.^[59]

Melumad va ser la primera dona a compondre la música per a una sèrie de Star Trek, que va dir que era "un gran honor i [una] gran responsabilitat".^[60] Quan es va unir al projecte per primera vegada, els productors creadors li van enviar una llista de reproducció de Spotify amb música que escoltaven mentre desenvolupaven la sèrie, que incloïa la banda sonora de Giacchino per a la pel·lícula John Carter (2012).^[59] El consell de Giacchino a Melumad va ser que no fes servir massa el tema principal de la sèrie ni el el tema original de Star Trek d'Alexander Courage, perquè se sentissin mereixedors quan els utilitzessin.^[60] Va decidir utilitzar el tema principal només en els moments més triomfals per als personatges principals.^[59] Melumad va compondre diversos altres temes, incloent-hi per a cadascun dels personatges principals. Per representar Jankom, Melumad va utilitzar el trombó i una melodia "una mica maldestra". El tema de Zero utilitza un piccolo, mentre que el de Gwyn presenta un "so de campana de teclat". Melumad no va reprendre el tema principal de Jerry Goldsmith de Star Trek: Voyager per representar l'Holograma Janeway, ja que el personatge representa la Flota Estel·lar en general dins de la sèrie i perquè sentia que el públic objectiu jove no reconeixeria el tema de totes maneres. Va dir que la música es torna "més Star Trek" a mesura que avança la sèrie.^[60]

El lloc web agregador de ressenyes Rotten Tomatoes va informar d'una taxa d'aprovació del 94% per a la primera temporada, amb una puntuació mitjana de 8,1/10 basada en 18 ressenyes.^[78] Metacritic li va donar una puntuació mitjana ponderada de 68 sobre 100 basada en ressenyes de 5 crítics, cosa que indica "ressenyes generalment favorables".^[79] Per a la segona temporada, Rotten Tomatoes va informar d'una qualificació d'aprovació del 100% amb una puntuació mitjana de 8,5/10 basada en 6 ressenyes.^[80][81]

El 17 de gener de 2023 es van publicar dues novel·les relacionades: Star Trek: Prodigy – Supernova, escrita per Robb Pearlman, autor de «Star Trek» des de fa molt de temps, és una història de «grau mitjà» basada en el videojoc del mateix nom; i "Star Trek: Prodigy – A Dangerous Trade" de Cassandra Rose Clarke segueix la jove tripulació de la sèrie mentre intenta intercanviar una bateria de la Flota Estel·lar per peces noves amb un grup de comerciants deshonestos que planegen robar la "Protostar".^[89] Una tercera novel·la, "Star Trek: Prodigy – Escape Route", es va publicar l'1 d'agost de 2023. També escrita per Clarke, "Escape Route" mostra la tripulació de la "Protostar" fent un desviament cap a una lluna desconeguda que Murf vol explorar.^[90]

Outright Games, un publicador de videojocs que se centra en propietats per a famílies, va anunciar un nou videojoc inspirat en la sèrie a l'abril de 2022.^[91] Titulat "Star Trek Prodigy: Supernova", el joc va ser desenvolupat per Tessera Studios per a PC, Xbox, PlayStation, Nintendo Switch, Steam i Stadia. Va ser el primer videojoc de Star Trek dirigit a jugadors més joves. La història, escrita per Lisa Boyd, guionista de Prodigy, segueix Dal i Gwyn mentre intenten salvar els seus amics, el Protostar, i un sistema planetari alienígena d'una supernova.^[91][92] El joc presenta el repartiment principal de la sèrie que reprenen els seus papers, inclòs Mulgrew, i es va llançar el 14 d'octubre de 2022.^[92] Nintendo World Report va dir que "tot i que el combat pot ser una mica repetitiu, els trencaclosques són realment enginyosos."^[93] A Nintendo Life els va agradar el disseny de trencaclosques del joc, però van qualificar el combat de "superficial".^[94]