Kapela vznikla v San Francisco Bay Area, kde ji založil kytarista Kurdt Vanderhoof s různými hudebníky v roce 1980. Před prvním demem měla skupina menší konkurz na bubeníka, kde se objevil budoucí zakládající člen Metallicy dánský bubeník Lars Ulrich. V roce 1981 skupina vydala instrumentální demo nahrávku Red Skies na kterém účinkovali Vanderhoof, baskytarista Steve Hott, kytarista Rick Condrin a bubeník Aaron Zimpel. Následně se Vanderhoof přestěhoval zpět do rodného města Aberdeenu ve Washingtonu a založil novou kapelu s Craigem Wellsem, Dukem Ericksonem, bubeníkem Tomem Weberem a zpěvákem Mikem Murphym pod názvem Shrapnel.

Murphy odešel před dalším demem, které bylo nahráno bez vokálů, a Weber odešel krátce po vydání dema Hitman. Do skupiny přibrali bubeníka Kirka Arringtona a zpěváka Davida Wayna. Dále vydali demo Four Hymns a následující roky strávili koncertováním a skládáním dalšího materiálu, až v roce 1983 znovu přijali název Metal Church. Píseň „Death Wish“ se objevila na kompilačním albu Northwest Metalfest.

Metal Church vydali v červenci 1984 své debutové stejnojmenné album Metal Church, které obsahuje coververzi „Highway Star“ od Deep Purple i tři písně z dema Four Hymns. Deska zaznamenala úspěch a prodalo se přes 70 tisíc kopií nezávisle na sobě než podepsala s velkým vydavatelstvím. Wayne prozradil, že Ulrich a James Hetfield z Metallicy naléhali na svoje vydavatelství Elektra Records, aby kapelu podepsali dřív než to udělá jiná společnost. Koncem roku 1984 Elektra nakonec podepsala skupinu.

Druhé album Metal Church vyšlo v říjnu 1986 pod názvem The Dark a umístilo se v Billboard 200 na 92. místě. Výsledkem byl hit a druhý singl „Watch the Children Pray“, které se dobře vysílalo s prvním videoklipem na MTV. Po vydání alba kapela absolvovala turné do července 1987 jako předkapela pro skupiny King Diamond, Testament, Overkill, Anthrax, Megadeth, Slayer a Metallica.

Vanderhoof během turné přestal se skupinou koncertovat z důvodu nauky produkce alba a dočasně ho nahradil Mark Baker, poté novým kytaristou se stal John Marshall. Vanderhoof stále s kapelou spolupracoval jako skladatel hudby a textů. Před nahráváním dalšího alba skupinu opustil David Wayne. Toho nahradil Mike Howe ze speedmetalové skupiny Heretic a na podzim 1988 se vrátili do studia natočit nové album.

Metal Church vydali v únoru 1989 své třetí album Blessing in Disguise, které se setkalo s pozitivní kritikou a bývá často označována za nejsilnější desku kapely. Umístilo se na 39. místě v německém žebříčku a na 75. místě v Billboard 200. Toto album znamenalo také stylový posun, protože se částečně odklonila od thrashmetalového stylu a přiklonila se k rozmanitému zvukem, který kombinuje prvky power metalu a progresivního metalu. K úspěchu alba výrazně přispěl videoklip k druhému singlu „Badlands“, které se velmi objevovalo na MTV. Úvodní song a první singl alba „Fake Healer“ získalo pozornost rádií především v Texasu a Kalifornii.

Po vydání alba se skupina vydala na turné, které trvalo více než rok. Nejdřív začali na společném turné po USA se skupinou Meliah Rage a poté byli předkapelou W.A.S.P. na jejich turné k albu The Headless Children. Začátkem roku 1990 absolvovali evropské turné jako speciální host pro skupinu Saxon. Dále koncertovali s kapelami Annihilator a Accept. Po dokončení rozsáhlého vystupování podepsali novou smlouvu s Epic Records.

Čtrvté album Metal Church vyšlo v březnu 1991 pod názvem The Human Factor, které se setkalo s pozitivní kritikou. Také byli chváleni za přestup k velkému vydavatelství a zachování svého zvuku. Deska se držela stylem předchozího alba a částečným návratem k thrash metalu. Přesto, že se album neobjevilo v žádné hitparádě, tak absolvovali úspěšné turné. Po vydání alba se stali součástí festivalového turné Operation Rock & Roll po USA spolu s Judas Priest, Dangerous Toys, Alice Cooper a Motörhead. Poté byli speciálním hostem Metallicy na jejich turné k desce Black Album.

Metal Church vydali v říjnu 1993 své páté album Hanging in the Balance, které se umístilo v německém žebříčku na 79. místě a setkalo se smíšenými až pozitivními recenzemi. Poté kapela absolvovala velké turné, které skončilo koncem roku 1996, kdy se následně skupina rozpadla kvůli obchodních důvodům a konfliktům s managementem.

V roce 1998 Vanderhoof podepsal nahrávací smlouvu s německým vydavatelstvím Nuclear Blast, který se postará o alba Metal Church v Severní Americe, poté podepsal smlouvu v Evropě se Steamhammer Records. Klasická sestava začala pracovat na prvním živém albem nazvané Live, které obsahovalo skladby právě z prvních dvou alb. Během produkce alba se rozhodli udělat comeback skupiny v sestavě Vanderhoof, Wayne, Arrington, Wells a Erickson, a nahrát nové album. Wells nakonec od shledání odstoupil z rodinných důvodů a nahradil ho John Marshall.

Páté album Metal Church vyšlo v červenci 1999 pod názvem Masterpeace, které se setkalo se smíšenou kritikou. Stylem se deska blížila k debutovému albu, čímž tento směr kritizoval Wayne a Vanderhoof kvůli tvůrčím rozdílům. Vanderhoof nebyl se shledáním kapely ani s comebackovým albem příliš spokojený, který nazval album spíš jako "Disasterpeace". Uvedl, že šlo o skvělý nápad, který prostě nefungoval. Wayne dokonce litoval hudebního směru na albu, že nakonec v červnu 2001 kapelu znovu opustil kvůli osobním a tvůrčím neshodám. Následně se skupinu opustil také Erickson až nakonec se kapela znovu rozpustila.

V roce 2003 Vanderhoof a Arrington společně sestavovali novou sestavu pro shledání skupiny do které přibrali zpěváka Ronnyho Munroeho, druhého kytaristu Jaye Reynoldse a baskytaristu Stevea Ungera, aby nahráli nové album.

Metal Church vydali v září 2004 své šesté album The Weight of the World, které se setkalo s pozitivní recenzemi, dokonce deska je považována mezi kritiky a fanoušky za opravdový comback skupiny.

Dne 10. května 2005 zemřel bývalý zpěvák David Wayne na komplikace zranění, které utrpěl při autonehodě v lednu 2003.

V roce 2006 opustil kapelu Kirk Arrington kvůli zdravotním komplikacím s cukrovkou. Jeho náhradou se stal Jeff Plate. Následně vydali v červnu 2006 sedmé album nazvané A Light in the Dark, které bylo věnováno Davidu Wayneovi a dostalo se kladných ohlasů.

Před nahráváním nového alba v roce 2008 opustil skupinu Jay Reynolds a byl nahrazen Rickem Van Zandtem. Metal Church vydali v září 2008 své osmé album pod názvem This Present Wasteland, které bylo hodnoceno lépe než předchozí album. Skupina se vydala na půlroční turné na podporu desky, poté si kapela dala pauzu od koncertování ze zdravotních důvodů Vanderhoofa.

Skupina se vrátila k menším počtům koncertů, jenže v červenci 2009 skupina oznámila, že končí z důvodu frustrace z hudebního průmyslu.

V říjnu 2012 skupina oznámila obnovení činnosti v sestavě Munroe, Vanderhoof, Unger, Plate a Van Zandt. Původně se měl připojit Jay Reynolds, ale odstoupil. V lednu 2013 se zúčastnila 70000 Tons of Metal, což je týdenní plavba lodí po Karibiku ve formě open-air festivalu. Následně oznámili práci na novém albu a letní turné.

Desáté album Metal Church vyšlo v říjnu 2013 pod názvem Generation Nothing u amerického vydavatelství Rat Pack Records. Samotná deska měla protichůdné recenze, avšak chválu dostal song „Bulletproof“. Skupina se poté vydala na turné k podpoře alba.

V září 2014 opustil skupinu Runny Munroe, aby se věnoval jiným projektům. Kapela uvedla, že bude pokračovat a hledat nového zpěváka.

V dubnu 2015 skupina oznámila návrat zpěváka Mike Howe po 20 letech. Howe uvedl, že Kurdt Vanderhoof s ním byl v kontaktu už od srpna 2014, kdy se vědělo, že Ronny Munroe kapelu opustí. Vanderhoof mu tehdy řekl, že nechce pokračovat se skupinou Metal Church, pokud by Howe neuvažoval o návratu. Howe byl zpočátku nejistý, protože po rozpadu kapely v roce 1996 ukončil hudební kariéru a věnoval se tesařství. Přesto této možnosti zůstal otevřený, záleželo však na tom, jakou hudbu kapela vytvoří. Vanderhoof mu následně poslal několik nahrávek, které silně připomínaly styl alba Hanging in the Balance. To Howeho přesvědčilo, aby souhlasil, a společně pak začali pracovat na hudbě a textech nového alba.

Metal Church vydali v březnu 2016 své jedenácté album XI, které fanoušci označili za doslova comebackové album a získalo dost pozitivních recenzí. Od desky Blessing in Disguise se po dlouhé době objevilo žebříčku v Billboard 200 na 57. místě, což z něj učinilo nejvyšší umístění kapely v hitparádách v jejich kariéře. V britském žebříčku Rock & Metal alba se umístilo na 25. místě, ve švýcarském žebříčku na 30. místě, v německém žebříčku na 34. místě a v rakouském žebříčku na 51. místě. Turné na podporu alba se nemohl zúčastnit Van Zadt ze zdravotních důvodů a dočasně ho nahradil Chris Cafferty. Kapela se v červnu 2016 zúčastnila společného turné s Armored Saint a následně na podzim byli předkapelou pro skupinu Megadeth na jejich turné k albu Dystopia.

V březnu 2017 opustil kapelu bubeník Jeff Plate, čímž museli zrušit účast na severoamerickém turné s Alter Bridge a In Flames. Jeho místo nahradil Stet Howland z W.A.S.P..

V dubnu 2017 vydali druhé živé album nazvané Classic Live, které bylo nahráno během turné k albu XI. V květnu 2017 Vanderhoof prozradil, že kapela pracuje na demoverzích pro své dvanácté album, které by mělo vyjít v roce 2018.

Metal Church vydali v prosinci 2018 své dvanácté album Damned If You Do, které dosáhlo ve švýcarském žebříčku na 83. místě, zatímco v německém žebříčku umístilo na 68. místě. Kdy po vydání alba se vydali na společné turné s Doro a poté hráli na Megacruise, tedy plavba lodí pořádaná Megadeth.

V dubnu 2020 skupina vydala první kompilační album From the Vault, které obsahuje čtyři nové skladby, tři coververze písní a dvě skladby vybrané z jejich vystoupení v japonském Kawasaki.

Začátkem července 2021 skupina oznámila, že třinácté album vyjde začátkem roku 2022.

Dne 26. července 2021 Metal Church oznámili, že jejich zpěvák Mike Howe v ranních hodinách zemřel. O pár dní později vyšla zpráva, že příčinou smrti je sebevražda. Skupina si dala pauzu na pár měsíců kvůli nejisté budoucnosti.

V říjnu 2021 Vanderhoof naznačil, že Metal Church bude pokračovat s dosud neodhalenou náhradou za Howea. V listopadu 2021 Bubeník Stet Howland prozradil, že on a zbývající členové kapely po Howeově smrti začali „znovu komunikovat“. Ačkoliv neupřesnil současný stav Metal Church. Původně existovaly zvěsti, že by se Ronny Munroe měl vrátit, což bylo vyvráceno.

V září 2022 Vanderhoof prozradil, že náhradu za Howeho mají, ale chtějí ho ještě držet v tajnosti. Také dodal, že Metal Chruch plánované třinácté album, jenž se psalo před smrtí Howeho by mělo vyjít během roku 2023. V únoru 2023 Metal Church oznámili, že jejich nový zpěvák je Marc Lopes. Před vydáním nového alba zemřel bývalý bubeník Kirk Arrington.

Třinácté album Metal Church vyšlo v květnu 2023 pod názvem Congregation of Annihilation, které se umístilo v německém žebříčku na 14. místě, což je nejlepší umístění desky kapely ze všech hitparád. V britském žebříčku Rock & Metal alba se umístilo na 20. místě, ve švýcarském žebříčku na 25. místě, v rakouském žebříčku na 50. místě a poprvé ve skotském žebříčku na 83. místě. Vanderhoof sám album velmi chválil a popsal jako „začátek nové kapitoly v odkazu Metal Church". Kapela po vydání desky se vydala sérii turné po Severní Americe a Austrálii.

Lopes v prosinci 2023 uvedl, že Metal Church začnou pracovat na novém materiálu pro své čtrnácté studiové album koncem roku 2024.

Koncem ledna 2025 Lopes by dotázán na stav Metal Church, jenomže uvedl, že neví o ničem.

Dne 21. listopadu 2025 Metal Church oznámili, že se rozešli s Marcem Lopesem, Stevem Ungerem a Stetem Howlendem. Nový bubeník skupiny je Ken Mary (Flotsam and Jetsam), zpěvákem zase Brian Allen (ex-Vicious Rumors) a překvapivě basista David Ellefson (ex-Megadeth, The Lucid). Také dodali, že v této nové sestavě nahráli připravované čtrnácté album, které vyjde začátkem roku 2026. Ve stejném dni byl vydán první singl ze čtrnáctého alba nazvaný „F.A.F.O.“, které sklidilo pozitivní ohlasy.

V únoru 2025 skupina oznámila, že po vydání alba pojedou jako předkapela na evropském turné pro Testament.

• Red Skies (1981)
• Hitman (1982)
• Four Hymns (1982)
• Demo 1983 (1983)

• Metal Church (1984)
• The Dark (1986)
• Blessing in Disguise (1989)
• The Human Factor (1991)
• Hanging in the Balance (1993)
• Masterpeace (1999)
• The Weight of the World (2004)
• A Light in the Dark (2006)
• This Present Wasteland (2008)
• Generation Nothing (2013)
• XI (2016)
• Damned If You Do (2018)
• Congregation of Annihilation (2023)
• Dead to Rights (2026)

• Live in Japan (1998)
• Live (1998)
• Classic Live (2017)

+ singly

• 👁 Image
  Obrázky, zvuky či videa k tématu Metal Church na Wikimedia Commons
• Metal Church v databázi Discogs (anglicky)
• Metal Church v databázi Encyclopaedia Metallum (anglicky)