Allerede i middelalderen blev der udarbejdet detaljerede stamtavler over slægten, men oplysningerne er meget usikre. Den første sikre grundlægger er Guntram den rige (d. 973) i Breisgau. Hans efterkommer, de to brødre Radbot (d. 1045) greve af Habsburg og Werner biskop af Strasbourg. Det er fra Radbot at de nyrer linjer af huset Habsburg nedstammer fra.

Efter seks slægtsled er Albrecht 4. (d. 1239) greve af Habsburg. Hans bror, Rudolf 3.'s (d. 1249), efterslægt delte sig i to linjer: den Habsburg-Laufenburgske linje og den Habsburg-Kyburgske linje som henholdsvis uddøde i 1408 og i 1414.

Albrecht 4. var far til Rudolf^[2] som i 1273 blev kronet som tysk konge med navnet Rudolf 1, og i 1278 erobrede han Østrig og Steiermark fra kongen af Bøhmen, Ottokar 2, ved et afgørende slag ved Dürnkrut nord for Wien. I 1282 forlenede Rudolf sine sønner med hertugdømmerne Østrig og Steiermark.^[4]

I løbet af senmiddelalderen flyttede Habsburgerne deres base fra Schweiz til Østrig "Haus Österreich" blev et synonym for Habsburg, og i 1335 erhvervede de Kärnten og Krain, og i 1363 Tyrol. Dette betød at de nu kontrollerede vigtige handelsveje mellem Tyskland og Italien, hvilket gav dem politisk anseelse i kejserriget. I tidsperioden 1452-1806 sad Habsburgerne tungt på magten i det tysk-romerske kejserrige, og i 1453 blev Østrig ophøjet til et ærkehertugdømme. Den Ungarske konge Matthias Corvinus angreb og besatte imidlertid, i 1485-1487 store dele af Østrig, og hovedstaden Wien, men i 1493 genforenede Maximilian 1. de østrigske arvelande og fortsatte ekspansionen med en fremsynet ægteskabspolitik.

Gennem Maximilians ægteskab med Maria af Burgund erhvervede Habsburgerne Nederlandene, Burgund og Spanien,^[4] denne politik gav Habsburgerne et uofficielt motto: "Bella gerant alii, tu, felix Austria, nube" ('Lad andre om at føre krige, du, lykkelige Østrig, gift dig')^{[1] [4]}

I 1496 blev Maximilians søn Filip 1. den Smukke gift med Johanne 1. den Vanvittige af Castilien,^[5] hvilket sikrede Habsburgernes magt over den Iberiske Halvø og Neapel-Sicilien. desværre døde Filip i 1506^[6] så det blev hans søn Karl 5. som arvede slægtens besiddelser. det blev så imidlertid for svært for Karl 5. at styre de store områder, så han delte dynastiet. Fra 1521-1522 fik hans Bror Ferdinand overdraget administrationen over de Østrigske besiddelser, og dermed herskede de to brødre over et rige, "hvor Solen aldrig gik ned"^[1] Da den unge konge af Ungarn og Bøhmen, Ludvig 2., døde barnløs, i 1526 efter Slaget ved Mohács mellem Ungarn og Osmannerriget, valgte de Bøhmiske stænder og den Ungarske adel Ferdinan 1. til deres konge.^[4]

I 1556 abdicerede Karl 5. sine Østrigske titler, så Ferdinan blev i 1558 kronet som kejser som Ferdinand 1. dermed var det Habsburgske dynasti delt i en spansk og en østrigsk linje.^[1]

I 1740 døde Karl 6.^[7] dermed uddøde den mandslinjen af den Østrigske gren, så hans datter Maria Theresia, som ikke kunne overtage tronen, i stedet dannes linjen Habsburg-Lothringen ved at Maria giftede sig med Frans Stephan af Lothringen, som i 1745 blev kronet som Frans 1. Stephan. Under Napoleonskrigene i 1806 blev det tysk-romerske rige opløst, dermed blev habsburgerne kejsere over Østrig-Ungarn. Det var de frem til 1918 hvor den sidste kejser Karl 1. abdicerede. Den nye Østrigske republik ophævede Habsburgernes rettigheder, men først i 1961 gav Karls søn Otto von Habsburg afkald på sine tronkrav.^[1]