Houston fu scelto nel corso del nono giro del Draft AFL del 1967 dagli Houston Oilers della American Football League^[1], divenendo titolare nella terza gara della sua stagione da rookie. Due settimane dopo, in una gara contro i New York Jets, Ken segnò due touchdown: uno su un tentativo di field goal bloccato ritornato per 71 yard e un altro su un ritorno da intercetto di 43 yard.

Nel 1971, Houston stabilì un record NFL con cinque touchdown segnati su ritorno (quattro da intercetti e uno da fumble). Questo primato resistette fino al 2006 quando Devin Hester segnò 6 touchdown su ritorni^[2].

Dopo sei stagioni con gli Oilers, Houston fu scambiato coi Washington Redskins per cinque giocatori veterani: l'offensive lineman Jim Snowden, il tight end Mack Alston, il wide receiver Clifton McNeil, il defensive end Mike Fanucci e il defensive back Jeff Severson. Coi Redskins, Houston fu convocato per sette Pro Bowl consecutivi.

Houston fu selezionato tra i migliori giocatori per 12 anni consecutivi: fu American Football League All-Star nel 1968 e 1969 e in seguito fu sempre convocato per il Pro Bowl tra il 1970 e il 1979. Inoltre fu inserito tre volte nella formazione ideale della stagione All-Pro. Nel 1999, fu classificato da The Sporting News al 61º posto nella classifica dei 100 migliori giocatori di tutti i tempi^[3]. Nel 1986 è stato inserito nella Pro Football Hall of Fame.