Nell'alto medioevo il territorio di Malcontenta, come la maggior parte delle aree limitrofe, era un possedimento dell'Abbazia di Sant'Ilario che fiorì tra il IX ed il XIV secolo.
Durante la Repubblica di Venezia, il piccolo centro abitato di Malcontenta era parte della podesteria e del comune di Gambarare: grazie a tale configurazione amministrativa, Malcontenta poteva dirsi parte del Dogado. Già nel cinquecento, infatti, Malcontenta viene definita come una contrà (contrada) posta nella villa delle Gambarare (in questo caso "villa" significava "comune rurale")^[2].
L'area era parimenti sottoposta alla cura ecclesiastica della pieve di Gambarare.

A partire dalla prima metà del Cinquecento si consolida la presenza della famiglia Foscari nella podesteria di Gambarare e in particolare a Malcontenta, dove la famiglia decise di realizzare su progetto di Andrea Palladio la celebre Villa Foscari^[3].

Nel settecento venne costruito un primo oratorio dedicato al Santissimo Redentore, dove le funzioni religiose venivano celebrate da un cappellano della parrocchia di Gambarare.

Nel 1797, con la caduta della Repubblica di Venezia, Malcontenta seguì le vicende che coinvolsero il comune di Gambarare.
Sotto il Regno Lombardo Veneto, nel corso dei moti del 1848 gli austriaci distrussero l'oratorio del Santissimo Redentore e danneggiarono gravemente Villa Foscari, abbattendo il complesso della "piazza Foscari" annesso all'edificio^[4].

Nel 1868 l'area di Malcontenta passò al nuovo comune di Mira, nato dall'unione degli antichi comuni di Gambarare, Mira (Mira Vecchia) e Oriago.^[5]
Dal 1885 e fino alla prima metà del Novencento il paese venne attraversato dalla tranvia Padova - Malcontenta - Fusina.
Nel 1917 il governo italiano fondò nell'area la caserma militare "Andrea Bafile".^[6]
Nel 1919 venne consacrata la nuova chiesa di Sant'Ilario: inizialmente, essa continuò ad essere filiale della chiesa di Gambarare ma nel 1924 divenne parrocchia autonoma.^[7]
Nel 1926, su iniziativa del Governo Mussolini, Malcontenta venne divisa tra i Comuni di Venezia e di Mira: il territorio a nord del Naviglio del Brenta e l'area di Punta Fusina passarono al Comune di Venezia, mentre il territorio a sud del Naviglio del Brenta rimase al Comune di Mira. Tale suddivisione venne sancita con R.D. 15 luglio 1926 nº 1317 (G.U. n. 183 del 9 agosto 1926).^[8]
Attualmente, per quanto di competenza di ciascun comune, Malcontenta costituisce sia una frazione del Comune di Mira sia una località del Comune di Venezia.

• la famosa Villa Foscari, detta appunto la "Malcontenta".
• la grande caserma "Andrea Bafile" del corpo dei Lagunari
• la scuola Materna
• la scuola Media
• il cimitero

• la chiesa parrocchiale di Sant'Ilario, erede canonica dell'Abbazia Sant'Ilario;
• la zona industriale;
• la località di Fusina, affacciata sulla laguna, con l'imbarcadero per Venezia
• la scuola elementare
• il centro culturale "al Canevon"

La dedicazione deriva da quella dell'antica abbazia Sant'Ilario (che sorgeva nei pressi di Dogaletto) e fu adottata nel 1919 per l'allora nuova chiesa della Malcontenta. L'edificio fu costruito tra il 1913 e il 1918 in dopo che l'oratorio del Santissimo Redentore, unica chiesa nella zona, si dimostrò impraticabile: l'ultimo atto fu la ricollocazione dell'altare del vecchio oratorio prima della sua demolizione. Agli inizi la chiesa dipendeva dalla parrocchia di Gambarare ma dal 1924 fu creata parrocchia pur mantenendola nel vicariato di Gambarare del patriarcato di Venezia. Nel 1949 la chiesa della Malcontenta, a ricordo dell'antichissimo insediamento, fu elevata al titolo abbaziale^[9].