Ancora bambino venne educato dai canonici della Basilica liberiana, divenendone chierico e poi canonico. Nulla si sa di eventuali studi universitari. La prima notizia certa della sua vita è riportata in un documento del 3 marzo 1176 in cui è citato come suddiacono della Chiesa romana e arciprete della Basilica di Santa Maria Maggiore^[2].

Nel concistoro del marzo 1179 papa Alessandro III lo nominò cardinale assegnandogli la diaconia dei Santi Sergio e Bacco ma subito dopo poté optare per il titolo di Cardinale presbitero di Santa Pudenziana.

Nel 1180 divenne cardinale vescovo della sede suburbicaria di Palestrina.^[3]

Il 18 dicembre 1187 partecipò all'elezione papale convocato a Pisa. Al primo scrutinio i cardinali elettori assegnarono il Soglio pontificio al benedettino Teodobaldo di Vermandois, Cardinale vescovo di Ostia e Velletri. Egli tuttavia rinunciò. Il giorno seguente venne eletto il cardinale Scolari, che assunse il nome di Clemente III.

Nel 1188, poco dopo la sua elezione, Clemente riuscì ad appianare le discordie che da mezzo secolo opponevano i papi e i cittadini di Roma, in virtù di un accordo ("Patto di Concordia") in base al quale ai romani veniva concesso il permesso di eleggere i propri consules (magistrati), mentre la nomina del governatore della città rimase una prerogativa del papa. Clemente III incitò Enrico II d'Inghilterra e Filippo Augusto a partecipare alla terza crociata (1189-1192), e introdusse diverse riforme minori su questioni ecclesiastiche.

Si riconciliò con Federico I Barbarossa, preludio alla partenza per la terza crociata durante la quale trovò la morte (1190), ma si scontrò con il suo successore Enrico VI, al quale non concesse la corona del Regno di Sicilia e che invece affidò a Tancredi d'Altavilla.

Morì il 20 marzo 1191 e fu sepolto nella Basilica di San Giovanni in Laterano. Data la delicata congiuntura politica del momento, con gli eserciti di Enrico VI alle porte di Roma, il suo successore, Celestino III, fu eletto appena il giorno seguente del papa.