No litoral Sul de Santa Catarina o registro de ocupação humana é de aproximadamente 6.000 A.P. com a presença dos grupos conhecidos como sambaquieiros que ocuparam vastamente a região litorânea sendo a eles atribuída a construção dos monumentais sambaquis (monte de conchas). Mais recentemente, um pouco antes da colonização europeia nas terras brasileiras, por volta de 500 A.P a região recebe os grupos indígenas conhecidos como Tupi-Guarani (grafia com hífen remete a tradição linguística do grupo) que teriam partido da Amazônia seguindo os grandes rios, principalmente os rios Paraguai e Paraná até a foz do Rio da Prata, daí então se voltando para o litoral sul do Brasil.

Nesse panorama de ocupação regional, Garopaba se apresenta como um local de grande potencial arqueológico, onde atualmente há 24 sítios arqueológicos mapeados. Destes, sete são relacionados a povos pré-coloniais como os sambaquis, sete oficinas líticas, cinco cerâmicos atribuídos a tradição Tupi-Guarani, dois representados por gravuras rupestres e três sítios associados ao período pré-colonial.^[6][7]

Foram os índios Carijós os primeiros habitantes, que se tem conhecimento, da região. Em 1525, o espanhol Dom Rodrigo de Acuña, aportou o Galeão San Gabriel na Baia de Garopaba para fugir de um temporal.

No ano 1666 surgiu o primeiro povoado, formado por açorianos enviados pelo Império Português, procedentes a maioria da 3ª Ilha dos Açores. Em 1793, foi criada a Armação de São Joaquim de Garopaba. No ano de 1830 é elevada à freguesia. A paróquia foi criada por decreto do Governo Imperial, porém sua instalação oficial ocorreu no ano de 1846. Em 1890, com trabalho de mobilização da Freguesia, Garopaba é elevada a vila, com decreto do Governador Lauro Müller. No dia 8 de Abril do mesmo ano, o governador nomeia os membros do Conselho da Intendência que dirigira o Município. A instalação só ocorreu no dia 7 de Junho de 1890. A guarda Municipal é criada em 1896. Garopaba foi denominada município somente em 19 de dezembro de 1961, quando deixou de ser Distrito de Palhoça.^[8]