公共Galaxyサーバー（微生物以外）

前回は、微生物関連の公共Galaxyサーバーをご紹介しました。今回は、他の公共Galaxyサーバーの一部（リピート配列、化学、融合転写物、コドン、系統解析、RDFに関連）をご紹介します。

RepeatExplorer

真核生物NGSデータにおける反復配列（トランスポゾン）の検出。

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Chemical Annotation Retrieval Toolkit (CART)

化学物質アノテーション検索

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ChimeRScope

トランスクリプトーム配列（RNA-seq）データにおける融合遺伝子の検出

• 論文 Li Y et al. Nucleic Acids Res. 2017 "ChimeRScope: a novel alignment-free algorithm for fusion transcript prediction using paired-end RNA-Seq data."

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• Fusion Gene Analysis | 株式会社理研ジェネシス
• Fusion Gene解析｜タカラバイオ株式会社

Codon Harmonizer

異種遺伝子発現のためのコドン改変

• 論文 Claassens NJ et al. PLoS One. 2017 "Improving heterologous membrane protein production in Escherichia coli by combining transcriptional tuning and codon usage algorithms."

kmer-SVM

サポートベクターマシン（SVM）を使用

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• k-mer countingに関するメモ - Qiita

MGEScan

真核生物ゲノム配列中の長い末端反復 (Long terminal repeat, LTR) を同定

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Osiris

系統解析

• 論文 Oakley TH et al. BMC Bioinformatics. 2014 "Osiris: accessible and reproducible phylogenetic and phylogenomic analyses within the Galaxy workflow management system."

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PIA

系統解析

• 論文 Speiser DI et al. BMC Bioinformatics. 2014 "Using phylogenetically-informed annotation (PIA) to search for light-interacting genes in transcriptomes from non-model organisms."

RDF2Graph

RDF2Graph recovers the structure of an RDF resource.

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