Quenifra foi tomada em junho de 1914 por uma força da Legião Estrangeira composta por senegaleses, argelinos e gumis marroquinos do 1º Regimento de Atiradores Marroquinos recrutados na região de Chaouia, sob o comando do generais Ditte, Poeymirau e Charles Mangin. Este último tinha adquirido uma reputação lendária em Marrocos durante a campanha nos territórios entre as regiões de Casablanca e a planície de Tadla; era considerado um grande estratego militar que poderia evitar o confronto direto com os zaianes antes da submissão das tribos que viviam desde Chaouia até aos confins do território dos zaianes.

Segundo o diário das marchas e operações da 2ª bateria do 1º Regimento de Artilharia de Montanha entre 6 de setembro e 16 de outubro de 1913, o comando das tropas em Marrocos estava consciente dos riscos de um confronto direto com os zaianes durante a campanha de Marrocos de 1907-1914. Nestes relatórios, Charles Mangin descreve com precisão as diferentes fases da sua campanha.

A 13 de novembro os rebeldes comandados por Mouha ou Hammou lançam um contra-ataque. Mouha ou Hammou tinha conseguido unir pela primeira vez diversas tribos vizinhas — além de zaianes, havia membros das tribos Ichkirn Elkbab, Aït Ihnd Krouchen e mesmo dos Aït Hdiddou e dos Aït Atta entre os rebeldes. O assalto resultou na na batalha de Elhri, a 20 quilómetros de Quenifra, imprudentemente iniciada pelo coronel Laverdure. A pesada derrota dos Franceses obriga à evacuação da casbá, ocupada pelos legionários desde junho de 1914. A resposta dos Franceses não tarda e em pouco tempo conseguem retomar a região, isolar os zaianes, restringindo-lhes o seu território e obrigando-os a procurar refúgio nas montanhas. O bloqueio dos zaianes conclui-se com êxito, permitindo que a fértil planície de Tadla, o chamado celeiro de Marrocos, fosse colocado em segurança contra os ataques daquela tribo.

Após a submissão da maior parte dos chefes tribais do Médio Atlas central, nomeadamente de Mouha Ou Saïd Ouirra de El Ksiba e Mohand N'hamoucha de El Hajeb e de outras tribos das planícies, os legionários de Charles Mangin e de Paul Henrys controlam a região de Quenifra, embora a pacificação da região só fique concluída oficialmente em 2 de junho de 1920 com a submissão do paxá Hasan Amahzoune ao general Poeymirau, um colaborador próximo do marechal Lyautey, o residente geral (governador colonial) do Protetorado Francês do Marrocos.

A cidade não se desenvolveu durante o protetorado, pois fazia parte do que os colonizadores chamavam "Marrocos inútil".

Em 1930 ocorreram manifestações contra o Dahir berbere, o decreto do sultão que alterava o sistema judicial tradicional nas regiões tribais berberes, onde a Charia (lei islâmica) já não era aplicada, e cujo objetivo era separar os Berberes das comunidades árabes. O Dahir berbere era apoiado pelos Franceses, a quem convinha a desunião entre Berberes e Árabes e a quem o decreto abria caminho para tomarem posse de terras tribais berberes, por alguns caides, liderados por Thami El Glaoui e por uma elite de intelectuais hostis aos Berberes.

Em agosto de 1934 ocorrem novamente manifestações contra o Dahir berbere, com greves e orações evocando o "Alatife" (nomes de Alá) pedindo a Deus que os Berberes não fossem separados dos seus irmãos Árabes. Este movimento de protesto, lançado pela elite burguesa de Fez formada no ensino tradicional, irá liderar a resistência até à independência em 1956.

Em agosto de 1953 a deposição do sultão MaoméV pelos Franceses desencadeia uma vaga de descontentamento na população que não pára de crescer até conduzir à chamada revolução de Quenifra — a 20 de agosto de 1955, no aniversário da deposição de MaoméV, ocorre uma insurreição na cidade. São mortos três jornalistas e uma vaga de protestos eleva-se nas cidades de Oued Zem, Immouzer Marmoucha e Casablanca. A revolta foi duramente reprimida por ordem de Gilbert Grandval, nomeado residente-geral em plena crise franco-marroquina em junho de 1955, e especialmente sangrenta para a população de Quenifra, sobretudo para as tribos zaianes que cercavam a cidade. O comandante das tropas de Marrocos, Raymond Duval, ordenou um massacre que se, segundo as números oficiais — qualificados de ridículas por Charles-André Julien^{[carecede fontes?]} — se cifrou em 700 mortos marroquinos e 49 europeus. Oued Zem foi especialmente fustigada pelo massacre. Raymond Duval morreu nas montanhas de Quenifra a 22 de agosto de 1955 quando o avião onde seguia explodiu.